Naczelnik urzędu skarbowego jest organem podatkowym pierwszej instancji, co oznacza, że to on dokonuje pierwotnej oceny i decyzji w sprawach podatkowych. Jego kompetencje obejmują wydawanie decyzji dotyczących zobowiązań podatkowych, kontrolę przestrzegania przepisów podatkowych oraz prowadzenie postępowań wyjaśniających w związku z nieprawidłowościami. Praktycznie, naczelnik urzędu skarbowego ma kluczowe znaczenie w procesie podatkowym, gdyż jego decyzje mogą wpływać na wysokość zobowiązań podatkowych podatników. Przykładem może być sytuacja, w której podatnik odwołuje się od decyzji o wysokości podatku dochodowego. Wówczas naczelnik, jako organ pierwszej instancji, rozpatruje sprawę i wydaje decyzję, która może zostać zaskarżona do organu wyższej instancji, w tym przypadku do samorządowego kolegium odwoławczego. Zrozumienie roli naczelnika urzędu skarbowego w systemie administracyjnym jest kluczowe dla każdego, kto zajmuje się kwestiami podatkowymi, zarówno w kontekście indywidualnym, jak i dla przedsiębiorstw.
Dyrektor izby skarbowej, Naczelny Sąd Administracyjny oraz samorządowe kolegium odwoławcze pełnią różne funkcje w systemie podatkowym, jednak nie są organami podatkowymi pierwszej instancji. Dyrektor izby skarbowej jest odpowiedzialny za nadzór i koordynację działań urzędów skarbowych i może podejmować decyzje w sprawach dotyczących nadzoru, ale nie wydaje decyzji w sprawach podatkowych na poziomie pierwszej instancji. Naczelny Sąd Administracyjny jest organem sądowym, który rozpatruje skargi na decyzje organów administracji publicznej, w tym urzędów skarbowych, a więc nie ma kompetencji do bezpośredniego podejmowania decyzji w sprawach podatkowych. Samorządowe kolegium odwoławcze zajmuje się rozpatrywaniem odwołań od decyzji wydanych przez organy pierwszej instancji, co oznacza, że jego rola jest ściśle związana z nadzorem nad decyzjami urzędów skarbowych, a nie z pierwotnym rozpatrywaniem spraw. Typowym błędem w myśleniu jest mylenie poziomu działania tych instytucji i przypisywanie im kompetencji, które są zarezerwowane dla naczelnika urzędu skarbowego. Warto zaznaczyć, że zrozumienie hierarchii organów administracji skarbowej jest kluczowe dla prawidłowego funkcjonowania w obszarze podatków.