Apoenzym to białkowa część enzymu, która, w połączeniu z koenzymem lub grupą prostetyczną, tworzy aktywną formę enzymu zwanej holoenzymem. Apoenzymy są odpowiedzialne za specyfikę działania enzymów, a ich struktura białkowa decyduje o kształcie i właściwościach miejsca aktywnego, co umożliwia wiązanie substratów. Przykładem może być enzym dehydrogenaza glukozo-6-fosforanowa, którego apoenzym wymaga koenzymu NADP+ do przeprowadzenia reakcji oksydacyjnych. W praktyce, znajomość struktury apoenzymów i ich budowy jest kluczowa w biotechnologii oraz w farmakologii, gdzie projektowanie leków jest często oparte na manipulacji strukturą białkową enzymów. Warto podkreślić, że zrozumienie roli apoenzymu jest istotne dla opracowywania inhibitorów enzymatycznych, które mogą być wykorzystane w terapii różnych chorób metabolicznych i nowotworowych, co czyni tę wiedzę niezwykle przydatną w różnych obszarach biochemii i medycyny.
Koenzym, grupa prostetyczna oraz kofaktor to terminy, które, mimo że związane z enzymami, nie odnoszą się do białkowej części enzymu w sposób właściwy. Koenzymy są małymi cząsteczkami organicznymi, które współpracują z apoenzymami, ale nie są ich integralną częścią. Przykładowo, koenzym A jest istotny w metabolizmie kwasów tłuszczowych, ale sam w sobie nie jest białkiem. Z kolei grupa prostetyczna to stały element enzymu, który może być zarówno białkowy, jak i niebiałkowy, ale ponownie nie odpowiada za białkową część enzymu. Kofaktory to bardziej ogólne pojęcie, które obejmuje zarówno koenzymy, jak i grupy prostetyczne, a ich rola polega na wspomaganiu działania enzymów poprzez uczestniczenie w reakcjach chemicznych. Te nieścisłości mogą prowadzić do nieporozumień w zrozumieniu struktury i funkcji enzymów. W szczególności, mylenie apoenzymu z innymi komponentami enzymatycznymi może utrudniać zrozumienie mechanizmów działania enzymów i ich zastosowania w biotechnologii oraz medycynie. Dlatego istotne jest, aby podczas nauki o enzymach skupić się na ich poszczególnych częściach oraz na ich roli w biokatalizie.