Poprawnie – pozwolenie wodnoprawne jest zawsze wydawane w formie decyzji administracyjnej, na podstawie operatu wodnoprawnego. W praktyce wygląda to tak, że inwestor zleca opracowanie operatu (to jest taki rozbudowany dokument techniczno-prawny, z opisem zamierzonego korzystania z wód, obliczeniami, mapami, szkicami, często też z analizą oddziaływań). Ten operat składa się do właściwego organu administracji wodnej, a organ – po przeprowadzeniu postępowania administracyjnego – wydaje decyzję administracyjną: pozwolenie wodnoprawne, albo odmowę. Decyzja administracyjna ma określoną strukturę, terminy obowiązywania, warunki korzystania z wód (np. maksymalne przepływy, poziomy piętrzenia, sposób eksploatacji urządzeń wodnych), a także obowiązki związane z monitoringiem, konserwacją i ochroną przeciwpowodziową. To właśnie ta decyzja daje inwestorowi podstawę prawną do realizacji robót i późniejszego użytkowania urządzenia wodnego. W branży wodno-melioracyjnej i hydrotechnicznej przyjmuje się jako dobrą praktykę, żeby dokumentacja projektowa, harmonogram robót i kosztorysy były spójne z treścią decyzji wodnoprawnej – inaczej na budowie zaczynają się problemy przy odbiorach i kontrolach. Moim zdaniem warto zapamiętać też praktyczny porządek: najpierw koncepcja i projekt, potem operat wodnoprawny, następnie decyzja administracyjna (pozwolenie wodnoprawne), a dopiero później inne pozwolenia i zgłoszenia budowlane. Bez tej decyzji inwestor formalnie nie ma prawa ingerować w wody lub urządzenia wodne w określony sposób.
W temacie pozwoleń wodnoprawnych łatwo się pomylić, bo w budownictwie zwykle kojarzymy formalności głównie z pozwoleniem na budowę albo z dokumentami własności terenu. Tymczasem pozwolenie wodnoprawne jest typowym aktem z zakresu prawa administracyjnego, wydawanym w formie decyzji administracyjnej, a nie na podstawie aktu własności czy decyzji o pozwoleniu na budowę. Akt własności potwierdza jedynie, kto jest właścicielem nieruchomości, ale prawo własności nie daje automatycznie prawa do dowolnego korzystania z wód. Gospodarowanie wodami jest w Polsce ściśle reglamentowane – nawet właściciel gruntu musi mieć pozwolenie wodnoprawne, jeśli chce np. piętrzyć wodę, odprowadzać ścieki do cieku, wykonać staw powyżej określonych parametrów czy przebudować rów melioracyjny. To są uprawnienia wynikające z decyzji administracyjnej, a nie z samego aktu własności. Podobnie pozwolenie na budowę rozwiązuje inne zagadnienie: dotyczy zgodności inwestycji z prawem budowlanym, planem miejscowym, warunkami zabudowy itd. Często w praktyce oba procesy biegną równolegle, ale pozwolenie wodnoprawne jest odrębną procedurą, opartą na operacie wodnoprawnym i przepisach Prawa wodnego, a nie na Prawie budowlanym. Spotykany błąd myślowy polega na tym, że skoro budujemy np. jaz, przepust czy małą zaporę, to „wystarczy” pozwolenie na budowę. Niestety nie – organ architektoniczno-budowlany wręcz może wymagać przedstawienia prawomocnego pozwolenia wodnoprawnego jako załącznika. Ocena oddziaływania na środowisko jest z kolei narzędziem środowiskowym: to analiza skutków inwestycji dla przyrody i ludzi. Dla niektórych przedsięwzięć jest obowiązkowa i może być podstawą do wydania decyzji środowiskowej, ale sama w sobie nie jest pozwoleniem wodnoprawnym. Raczej stanowi jeden z elementów szerszej układanki formalno-prawnej. Dlatego kluczowe jest zrozumienie hierarchii: operat wodnoprawny to dokument opracowany przez specjalistów, a właściwy organ administracji wydaje na jego podstawie decyzję administracyjną – właśnie w formie pozwolenia wodnoprawnego. To ta decyzja ma moc prawną i określa konkretne warunki korzystania z wód i eksploatacji urządzeń wodnych.