JPEG kompletnie nie obsługuje przezroczystości tła, co jest dość istotną cechą tego formatu. Ten format został zaprojektowany głównie z myślą o kompresji zdjęć i grafiki rastrowej, gdzie przezroczystość po prostu nie była wtedy potrzebna. Z mojego doświadczenia, kiedy ktoś próbuje zapisać obraz z przezroczystością do JPEG, to przezroczyste fragmenty po prostu zamienią się na jednolite tło – najczęściej białe lub czarne, w zależności od programu. No i to potrafi kompletnie popsuć wygląd, chociażby logotypów czy ikon. W projektowaniu stron internetowych czy UI do aplikacji, stosowanie JPEG-a do plików wymagających przezroczystości jest dużym błędem; tu dużo lepiej sprawdzają się PNG lub GIF. Również w grafice rastrowej, wszędzie tam gdzie wymagana jest alfa (np. cienie, ładne przejścia na przezroczystość), JPEG się nie sprawdzi. Moim zdaniem o tym ograniczeniu powinien wiedzieć każdy, kto pracuje z grafiką cyfrową, bo nie raz widziałem, jak ktoś przypadkowo eksportuje plik z przezroczystością do JPEG i potem się dziwi, że tło 'magicznie' się pojawiło. Generalnie, jeśli zależy Ci na przezroczystości – trzymaj się z daleka od JPEG-a. Warto dodać, że jest to zgodne ze standardem JPEG (Joint Photographic Experts Group), który nie przewiduje kanału alfa, a przezroczystość możliwa jest tylko w nielicznych, niestandardowych rozszerzeniach, które praktycznie się nie przyjęły.
Często można spotkać się ze stwierdzeniem, że wszystkie popularne formaty graficzne obsługują przezroczystość, ale tak naprawdę tylko wybrane spełniają to kryterium. GIF umożliwia definiowanie pojedynczego koloru jako przezroczystego, co robi się często przy prostych ikonach czy grafikach internetowych – choć przezroczystość jest tu bardzo ograniczona, bo nie ma mowy o półprzezroczystości, a jedynie o pełnej albo braku widoczności. PNG jest już znacznie bardziej zaawansowany – pozwala na obsługę tzw. kanału alfa, co oznacza przejścia płynne, fragmenty półprzezroczyste, różne stopnie przezroczystości. W projektowaniu stron, aplikacji czy grafiki użytkowej to obecnie najpopularniejszy wybór, zwłaszcza dla grafik z cieniami czy efektami specjalnymi. TIFF to dość rozbudowany format, wykorzystywany głównie w druku i przemyśle graficznym, i on również potrafi przechowywać informacje o przezroczystości, o ile tylko użyje się odpowiedniego trybu zapisu – choć oczywiście nie każdy program i nie każda wersja TIFF-a to obsługuje, ale taka możliwość istnieje. Największym błędem myślowym jest tu założenie, że JPEG, jako bardzo popularny format, również daje jakieś opcje przezroczystości – niestety, ten format został zaprojektowany wyłącznie pod kompresję zdjęć, bez żadnej obsługi kanału alfa czy jakiegokolwiek stopnia przezroczystości. Przez to użycie JPEG do grafik wymagających przezroczystości to pewny sposób na stracenie tego efektu – i to jest coś, co często zaskakuje początkujących. Warto zawsze przed wyborem formatu zastanowić się, czy potrzebujemy przeźroczystości, bo nie wszystkie formaty są tu sobie równe. Najlepszą praktyką jest stosowanie PNG lub, w specyficznych przypadkach, TIFF-a, jeśli przezroczystość jest wymagana i nie ma ograniczeń w kompatybilności.