Prawidłowo wskazałeś narzędzie chkdsk, które w systemie Windows jest klasycznym, wbudowanym mechanizmem do sprawdzania spójności systemu plików oraz wykrywania uszkodzonych sektorów na dysku. To polecenie analizuje strukturę logiczną woluminu (NTFS, dawniej też FAT32), czyli katalogi, wpisy MFT, alokację klastrów, a także może próbować oznaczać fizycznie uszkodzone sektory jako „bad sectors”, żeby system ich później nie używał. W praktyce, gdy użytkownik ma problem typu: „dysk dziwnie mieli”, „pliki znikają lub są uszkodzone”, „system zgłasza błędy odczytu/zapisu”, to jednym z pierwszych kroków diagnostycznych według dobrych praktyk administracji Windows jest właśnie uruchomienie chkdsk z odpowiednimi przełącznikami, np. chkdsk C: /f /r. Parametr /f naprawia błędy systemu plików, a /r dodatkowo wyszukuje uszkodzone sektory i próbuje odzyskać możliwe do odczytania dane. Moim zdaniem warto pamiętać, że chkdsk działa na poziomie logicznej struktury dysku, więc uzupełnia narzędzia firmware’owe producenta dysku i S.M.A.R.T., a nie je zastępuje. W środowiskach produkcyjnych i serwerowych wykorzystuje się go ostrożnie, najlepiej po wykonaniu kopii zapasowej, bo każda operacja naprawcza na systemie plików wiąże się z ryzykiem utraty części danych. Dobrą praktyką jest też uruchamianie chkdsk nie „na żywym” systemie, tylko podczas restartu, żeby wolumin nie był aktywnie używany. W administracji Windows przyjęło się, że przy podejrzeniu problemów z integralnością danych, spójnością katalogów lub po nieprawidłowym wyłączeniu zasilania, chkdsk jest jednym z podstawowych i najprostszych narzędzi pierwszej linii diagnostyki. To takie trochę „must know” dla każdego technika systemowego.
W tym pytaniu łatwo się pomylić, bo wszystkie wymienione narzędzia kojarzą się z dyskiem, ale tylko jedno z nich faktycznie służy do sprawdzania integralności systemu plików i wykrywania błędnych sektorów. Wiele osób intuicyjnie wybiera programy kojarzone z zarządzaniem dyskami albo ich „porządkowaniem”, co jest zrozumiałe, ale technicznie nietrafione. Diskpart to narzędzie typowo do zarządzania partycjami i woluminami. Używa się go do tworzenia, usuwania i modyfikowania partycji, zmiany liter dysków, przygotowania nośników pod instalację systemu itp. Jest bardzo mocne i często używane przez administratorów, jednak jego zadaniem nie jest analiza spójności systemu plików ani skanowanie powierzchni pod kątem bad sektorów. Ono operuje bardziej na strukturze logicznego podziału dysku niż na integralności danych. Oczyszczanie dysku z kolei to narzędzie nastawione na zwalnianie miejsca: kasuje pliki tymczasowe, stare punkty przywracania, zawartość kosza i różne śmieci systemowe. Może poprawić wydajność przez zwolnienie przestrzeni, ale nie ma żadnych mechanizmów weryfikacji poprawności struktury plików, nie wykryje też uszkodzonych sektorów. Typowym błędem myślowym jest założenie, że skoro coś „naprawia” lub „porządkuje” dysk, to automatycznie sprawdza też jego fizyczny stan i integralność danych. Optymalizowanie dysków (dawna defragmentacja) znowu dotyczy głównie uporządkowania rozmieszczenia plików na nośniku, tak aby odczyt był szybszy. W przypadku klasycznych HDD polega to na scalaniu pofragmentowanych plików w bardziej ciągłe obszary. To wpływa na wydajność, ale nie służy do wykrywania błędnych sektorów ani naprawy logicznych błędów systemu plików. Co więcej, defragmentacja na dyskach SSD jest wręcz niewskazana, bo zużywa komórki pamięci bez realnego zysku. Sedno sprawy jest takie, że jedynym narzędziem z tej listy, które faktycznie sprawdza integralność systemu plików i może oznaczać uszkodzone sektory, jest chkdsk. Pozostałe programy są przydatne administracyjnie, ale realizują zupełnie inne zadania niż diagnostyka logiczna i częściowo fizyczna nośnika, co w profesjonalnej obsłudze systemu Windows trzeba jasno rozróżniać.