Monitoring biologiczny, jako jedna z kluczowych form oceny stanu wód powierzchniowych, opiera się na wykorzystaniu bioindykatorów. Bioindykatory to organizmy, które reagują na zmiany w środowisku wodnym, a ich obecność, liczebność i stan zdrowia mogą dostarczyć cennych informacji o jakości wody. Przykłady bioindykatorów obejmują niektóre gatunki ryb, bezkręgowców oraz roślin wodnych, które są wrażliwe na zmiany chemiczne, fizyczne i biologiczne w ekosystemie wodnym. Stosowanie bioindykatorów jest zgodne z normami ochrony środowiska, takimi jak Dyrektywa Ramowa w Sprawie Wody (WFD) Unii Europejskiej, która podkreśla znaczenie oceny jakości wód poprzez badanie ich biocenozy. Dzięki monitorowaniu populacji bioindykatorów można efektywnie identyfikować zanieczyszczenia, oceniać wpływ działalności ludzkiej oraz podejmować działania zaradcze w celu ochrony zasobów wodnych. Przykładem zastosowania bioindykatorów może być ocena stanu rzeki, w której obecność specyficznych gatunków ryb może wskazywać na dobre warunki ekologiczne, podczas gdy ich niedobór sygnalizuje problemy z jakością wody.
Bioaerozole, biogeny oraz biofiltry nie są odpowiednimi narzędziami do monitorowania stanu wód powierzchniowych w kontekście biologicznym. Bioaerozole to cząsteczki biologiczne zawieszone w powietrzu, które mogą mieć wpływ na zdrowie ludzi oraz jakość powietrza, ale nie są stosowane do oceny jakości wód. Podejście to prowadzi do mylnego wniosku, że organizmy powietrzne mogą w jakiś sposób wskazywać na stan wód, co jest niezgodne z naukową praktyką monitorowania środowiska wodnego. Biogeny, czyli substancje odżywcze, takie jak azot czy fosfor, są ważnymi wskaźnikami jakości wód, ale nie mają charakteru biologicznego i nie mogą być używane jako narzędzia monitorujące w takim sensie, w jakim używane są bioindykatory. Z drugiej strony, biofiltry to systemy wykorzystywane do oczyszczania wody, a więc pełnią rolę technologiczną, a nie biologiczną w kontekście monitoringu. Użytkownicy mogą błędnie przypisywać tym terminom funkcję monitorującą, co podkreśla znaczenie zrozumienia różnorodnych metod oceny stanu ekosystemów wodnych. W rzeczywistości efektywne monitorowanie wymaga zastosowania podejść opartych na faktycznych wskaźnikach biologicznych, takich jak bioindykatory, które są odpowiednie do oceny jakości wód i stanu ich ekosystemów.