Podstawowym obiektem badań w podsystemie Zintegrowanego Monitoringu Środowiska Przyrodniczego jest środowisko naturalne, które obejmuje wszystkie elementy przyrody, w tym atmosferę, hydrosferę, litosferę oraz biosferę. W kontekście monitoringu, istotne jest prowadzenie systematycznych badań, które pozwalają na ocenę stanu środowiska oraz identyfikację zachodzących w nim zmian. Przykładem zastosowania tych badań jest monitorowanie jakości powietrza, wód gruntowych oraz bioróżnorodności. Zintegrowany Monitoring Środowiska Przyrodniczego ma na celu nie tylko zbieranie danych, ale także ich analizę i interpretację, co jest kluczowe dla podejmowania decyzji proekologicznych, planowania przestrzennego oraz ochrony zasobów naturalnych. Dobre praktyki w tym zakresie obejmują stosowanie nowoczesnych technologii, takich jak zdalne badania satelitarne oraz systemy GIS, które pozwalają na skuteczne zarządzanie i ochronę środowiska, a także na lepsze prognozowanie skutków działalności człowieka na naturę.
Zrozumienie podsystemu Zintegrowanego Monitoringu Środowiska Przyrodniczego wymaga właściwej interpretacji pojęć związanych z ochroną środowiska. Pasmo górskie, profil glebowy i zlewnia rzeczna, mimo że stanowią ważne elementy ekosystemów, nie są podstawowymi obiektami badań w kontekście monitoringu środowiska w ujęciu zintegrowanym. Pasmo górskie jest specyficznym rodzajem terenu, który może być badany, ale nie stanowi całościowego obrazu tego, co obejmuje monitoring środowiska. Profil glebowy, chociaż kluczowy dla analizy jakości gleby, jest tylko jednym z wielu aspektów środowiska naturalnego. Zlewnia rzeczna, jako jednostka hydrologiczna, również ma swoje znaczenie, ale ogranicza badania do konkretnego obszaru wodnego. Właściwe zrozumienie, że monitoring środowiska musi obejmować wszystkie elementy przyrody, a nie tylko ich fragmenty, jest kluczowe dla skutecznej ochrony zasobów naturalnych i podejmowania decyzji na poziomie zarządzania środowiskiem. Typowym błędem myślowym jest skupianie się na wybranych elementach i ignorowanie całości systemu, co prowadzi do niepełnych analiz i niewłaściwych wniosków.