Brunatny kolor wód przesyconych jonami żelaza to bardzo charakterystyczna cecha środowisk związanych z obecnością rud pirytowych, zwłaszcza tam, gdzie zachodzi proces utleniania pirytu przez bakterie żelazowe, takie jak Acidithiobacillus ferrooxidans. W wyniku tego procesu jony żelaza(II) utleniają się do żelaza(III), a następnie wytrącają się jako uwodnione tlenki i wodorotlenki żelaza, głównie goethyt i limonit, które dają właśnie tę brunatną barwę. W praktyce, np. na hałdach kopalnianych czy w okolicach wyrobisk górniczych, można bardzo łatwo zaobserwować brunatne nacieki i zacieki, które są sygnałem obecności takich właśnie związków. To ważna wskazówka dla specjalistów zajmujących się gospodarką wodno-ściekową i rekultywacją terenów pogórniczych, bo barwa wody często pozwala szybko ocenić stopień zanieczyszczenia i rodzaj procesów chemicznych zachodzących w środowisku. Moim zdaniem warto pamiętać, że obecność takich brunatnych osadów to nie tylko kwestia estetyki – to znak, że środowisko może być silnie kwaśne i toksyczne dla organizmów wodnych. W standardach ochrony środowiska i podczas monitoringu wód kopalnianych zwraca się na ten kolor szczególną uwagę, bo to pierwszy widoczny objaw nieprawidłowości. Z mojego doświadczenia wynika, że nieumiejętne postępowanie z takimi wodami prowadzi do rozległych szkód środowiskowych, dlatego tak istotna jest wiedza na temat barwy i jej związku z procesami chemicznymi zachodzącymi w obiegu wody.
Wybór innej barwy niż brunatna najczęściej wynika z niewłaściwych skojarzeń lub braku praktycznej obserwacji środowisk, gdzie zachodzi utlenianie jonów żelaza uwalnianych z pirytu przez bakterie. Fioletowy czy niebieski to kolory kojarzące się raczej z obecnością jonów manganu, miedzi lub innych rzadziej spotykanych związków chemicznych, a nie żelaza w środowisku naturalnym związanym z przeróbką kopalin. Woda zawierająca dużą ilość żelaza, zwłaszcza w postaci wytrącających się wodorotlenków, nabiera barwy od żółtej przez pomarańczową aż po ciemnobrązową, niemal rdzawą – nigdy jednak nie jest jaskrawoniebieska czy fioletowa. Kolor żółty natomiast występuje przy bardzo małych stężeniach produktów utleniania żelaza, lecz gdy woda jest przesycona jonami żelaza z pirytu i proces utleniania jest intensywny, zawsze pojawia się typowa brunatna barwa. To zresztą nie jest tylko obserwacja czysto wizualna – żelazo(III) w formie uwodnionych tlenków tworzy charakterystyczne osady, które zmieniają środowisko wodne, obniżając jego jakość i zwiększając toksyczność. Typowym błędem jest utożsamianie 'brudnych' albo 'zanieczyszczonych' wód z dowolną ciemną barwą, tymczasem chemia procesowa i standardy branżowe bardzo jasno określają, że taki brunatny kolor to niemal zawsze efekt działalności bakteryjnej i utleniania związków żelaza. To szczególnie istotne w kontekście oczyszczania wód kopalnianych, bo pozwala szybko zdiagnozować źródło problemu i dobrać właściwe metody neutralizacji, np. przez klarowanie, neutralizację chemiczną czy recyrkulację wody technologicznej. W praktyce zakładów przeróbczych dokładna ocena barwy wody to podstawowa czynność przy analizie stanu środowiska.