Uprawa roślin motylkowatych wieloletnich wpływa na bilans glebowej materii organicznej w sposób szczególnie korzystny, co jest wynikiem ich zdolności do wiązania azotu atmosferycznego. Rośliny te, takie jak koniczyna, lucerna czy wyka, mają symbiotyczne bakterie w swoich korzeniach, które przekształcają azot z powietrza do formy przyswajalnej przez inne rośliny. To zjawisko nie tylko podnosi zawartość azotu w glebie, ale również przyczynia się do wzbogacenia gleby w materię organiczną poprzez opadanie liści i korzeni, które ulegają rozkładowi. Dodatkowo, rośliny motylkowate poprawiają strukturę gleby, zwiększając jej przepuszczalność i zdolność do zatrzymywania wody, co sprzyja rozwojowi mikroorganizmów glebowych. Przykłady dobrych praktyk obejmują stosowanie tych roślin w systemach płodozmianu oraz jako zasiewy międzyplonowe, co jest zgodne z zaleceniami agrotechnicznymi dla utrzymania zdrowia gleb i zwiększenia ich produktywności. Wprowadzenie takich praktyk w gospodarstwie rolnym przyczynia się do długoterminowej poprawy jakości gleby oraz zwiększenia jej biodiverstytetu.
Uprawy zbożowe, okopowe korzeniowe i przemysłowe nie mają tak korzystnego wpływu na bilans glebowej materii organicznej, jak uprawy motylkowatych wieloletnich. Zboża, takie jak pszenica czy jęczmień, są roślinami jednorocznymi, które wnoszą do gleby ograniczoną ilość materii organicznej. Ich cykl wegetacyjny kończy się w okresie dojrzałości, co oznacza, że przeważnie kończą się one po zbiorze, pozostawiając niewielką ilość resztek roślinnych. W przypadku roślin okopowych, takich jak buraki czy ziemniaki, chociaż mogą generować pewną ilość materii organicznej, ich intensywna uprawa często prowadzi do erozji gleby oraz wypłukiwania składników pokarmowych, co negatywnie wpływa na jej strukturę. Uprawy przemysłowe, takie jak rzepak, mogą wprowadzać dodatkowe problemy, takie jak wykorzystanie dużej ilości nawozów sztucznych, co w dłuższej perspektywie prowadzi do degradacji jakości gleby. Ponadto, rośliny te, z reguły, nie korzystają z symbiozy z bakteriami wiążącymi azot, co jest kluczowym elementem w procesie zwiększania zawartości azotu w glebie. W związku z tym ich wpływ na bilans materii organicznej jest znacznie słabszy w porównaniu do roślin motylkowatych, które wspierają regenerację gleby oraz jej zdolność do produkcji. Błędem jest także zbyt duże zaufanie do jednego typu uprawy, co prowadzi do mono uprawy, a to w dłuższej perspektywie degradacji bioróżnorodności gleb, co jest sprzeczne z zasadami zrównoważonego rozwoju w rolnictwie.