Do produkcji kefiru wykorzystuje się przede wszystkim wyselekcjonowane szczepy bakterii fermentacji mlekowej, które odpowiadają za przemianę laktozy (cukru mlecznego) w kwas mlekowy. To właśnie ten proces, czyli fermentacja mlekowa, nadaje kefirów charakterystyczny, lekko kwaśny smak, przyjemny zapach i odpowiednią konsystencję. W praktyce technologicznej stosuje się mieszanki bakterii z rodzaju Lactobacillus, Lactococcus, Leuconostoc oraz specyficzne drożdże kefirowe. Moim zdaniem warto zapamiętać, że kefir to przykład fermentowanego napoju mlecznego o tzw. fermentacji mieszanej: zachodzi tam zarówno fermentacja mlekowa, jak i w pewnym stopniu alkoholowa, ale kluczowa i podstawowa dla technologii jest fermentacja mlekowa. W zakładach mleczarskich startery (czyli zakwasy) do kefiru są standaryzowane, opisane w specyfikacjach jakościowych i dobierane tak, żeby produkt miał powtarzalne parametry: odpowiednią kwasowość, teksturę, liczbę żywych komórek bakterii. Dobre praktyki branżowe (np. wg wytycznych IDF czy norm krajowych dla napojów fermentowanych) wymagają kontroli składu mikroflory starterowej, temperatury i czasu fermentacji – typowo około 20–25°C przez kilka do kilkunastu godzin, w zależności od szczepów. W praktyce produkcyjnej operator linii musi pilnować, żeby mleko było odpowiednio przygotowane: standaryzacja tłuszczu, homogenizacja, pasteryzacja, schłodzenie do temperatury zaszczepienia. Dopiero wtedy dodaje się kultury bakterii fermentacji mlekowej i drożdże. Dzięki temu kefir ma właściwe cechy prozdrowotne, stabilność mikrobiologiczną i trwałość w magazynowaniu chłodniczym. Z mojego doświadczenia szkolnego wynika, że jak się dobrze zrozumie rolę fermentacji mlekowej, to łatwiej ogarnąć całą grupę produktów: jogurt, maślanka, zsiadłe mleko, a kefir jest po prostu specyficzną odmianą z dodatkiem drożdży, ale nadal opartą głównie na fermentacji mlekowej.
W pytaniu o produkcję kefiru bardzo łatwo pomylić różne typy fermentacji, bo w technologii żywności używamy kilku podobnie brzmiących określeń. Kefir jest napojem mlecznym i jego podstawą jest zawsze fermentacja mlekowa, czyli działanie bakterii rozkładających laktozę do kwasu mlekowego. To właśnie ten kwas zakwasza środowisko, zagęszcza białka mleka i zabezpiecza produkt przed rozwojem niepożądanej mikroflory. Czasem uczniowie kojarzą kefir z lekką zawartością alkoholu i wtedy odruchowo wybierają fermentację alkoholową. Rzeczywiście, w kefirze mogą zachodzić procesy fermentacji alkoholowej, bo biorą w nim udział drożdże, które wytwarzają niewielkie ilości etanolu i CO₂. Jednak technologicznie nie klasyfikujemy kefiru jako produktu fermentacji alkoholowej. Ten typ fermentacji jest typowy chociażby dla piwa, wina czy cydru, gdzie głównym celem jest właśnie produkcja alkoholu. W kefirze alkohol jest tylko produktem ubocznym, a nie głównym kierunkiem procesu. Fermentacja masłowa kojarzy się z bakteriami wytwarzającymi kwas masłowy, często beztlenowo, np. w warunkach gnilnych lub w źle zakiszonych paszach. W produkcji żywności wysokiej jakości, szczególnie mleczarskiej, dąży się do unikania fermentacji masłowej, bo powoduje nieprzyjemny zapach, psucie się produktów i powstawanie gazów. Gdyby takie bakterie rozwijały się w kefirze, mielibyśmy wadliwy produkt, niezgodny ze standardami jakości i bezpieczeństwa żywności. Z kolei fermentacja propionowa jest charakterystyczna głównie dla serów dojrzewających typu szwajcarskiego (np. ementaler). Bakterie propionowe przekształcają kwas mlekowy w kwas propionowy, octowy i CO₂, tworząc oczka i specyficzny aromat sera. W kefirze nie dążymy do takich przemian, bo zależy nam na płynnej konsystencji i innym profilu smakowo-zapachowym. Typowym błędem myślowym jest wrzucanie wszystkich fermentacji „do jednego worka” i sugerowanie się nazwą lub pojedynczym efektem, np. obecnością alkoholu albo gazu. W dobrej praktyce technologicznej zawsze patrzy się, jaka mikroflora jest używana celowo jako kultura starterowa, jaki jest główny produkt przemiany i do jakiej grupy wyrobów należy produkt. W przypadku kefiru te kryteria jednoznacznie wskazują na fermentację mlekową jako podstawę procesu.