Poprawnie wskazano, że grzybki kefirowe do produkcji kefiru muszą zawierać przede wszystkim bakterie mlekowe i drożdże. To właśnie ta specyficzna mieszanina mikroflory odpowiada za typową dla kefiru fermentację mieszaną: fermentację mlekową i fermentację alkoholową. Bakterie mlekowe (głównie Lactobacillus, Lactococcus, Leuconostoc) przekształcają laktozę w kwas mlekowy, co obniża pH, zagęszcza mleko i nadaje mu kwaśny smak, a jednocześnie działa konserwująco. Drożdże natomiast wytwarzają niewielkie ilości etanolu oraz dwutlenku węgla, dzięki czemu kefir jest lekko musujący i ma charakterystyczny, lekko „pikantny” posmak. Z technologicznego punktu widzenia takie połączenie mikroorganizmów jest kluczowe, bo pozwala uzyskać produkt o powtarzalnej jakości: odpowiedniej kwasowości, lepkości, aromacie i wartości odżywczej. W praktyce przemysłowej korzysta się z tzw. ziaren kefirowych (grzybków kefirowych), które są naturalną symbiozą bakterii mlekowych, drożdży oraz – w mniejszym stopniu – niektórych pałeczek śluzowych, osadzonych w matrycy polisacharydowej (kefiran). Taki układ jest samostabilizujący się, co ułatwia prowadzenie procesu. Moim zdaniem to jedno z ciekawszych przykładów, jak w technologii mleczarskiej wykorzystuje się złożone kultury starterowe zamiast pojedynczych szczepów. W zakładach przestrzega się ściśle parametrów procesu: temperatury zaszczepiania, dawki grzybków, czasu fermentacji i warunków dojrzewania, aby bakterie mlekowe i drożdże miały optymalne warunki do rozwoju. Dobre praktyki produkcyjne (GMP) i systemy jakości (np. HACCP) wymagają też kontroli czystości szczepów, tak żeby w grzybkach kefirowych nie pojawiały się przypadkowe mikroorganizmy, które mogłyby zepsuć smak kefiru lub obniżyć jego bezpieczeństwo mikrobiologiczne. W technikum warto zapamiętać, że bez jednoczesnej obecności bakterii mlekowych i drożdży nie uzyskamy prawdziwego, tradycyjnego kefiru, tylko zwykłe mleko fermentowane o innym profilu sensorycznym.
W przypadku kefiru bardzo łatwo pomylić różne grupy mikroorganizmów, bo w technologii żywności pojawiają się ciągle te same nazwy: bakterie octowe, masłowe, propionowe, drożdże, pleśnie. Intuicyjnie można uznać, że skoro to wszystko „coś fermentuje”, to nada się do każdego produktu fermentowanego. I tu właśnie kryje się typowy błąd myślowy. Kefir to wyrób mleczarski oparty na fermentacji mieszanej: mlekowej i alkoholowej, prowadzonej przez ściśle określone kultury bakterii i drożdży. Bakterie octowe są charakterystyczne raczej dla fermentacji octowej, gdzie utleniają etanol do kwasu octowego, głównie w warunkach obecności tlenu. W kefirze ich obecność byłaby niepożądana, bo dawałyby zbyt ostry, octowy posmak i mogłyby destabilizować strukturę białek mlecznych. Pleśnie natomiast wykorzystuje się w serach pleśniowych, np. Penicillium roqueforti czy Penicillium camemberti, ale w kefirze byłyby po prostu zanieczyszczeniem i sygnałem złej higieny procesu. Bakterie masłowe (np. Clostridium butyricum) kojarzą się z fermentacją masłową, produkcją kwasu masłowego i gazów. W kontekście mleczarstwa są traktowane raczej jako mikroflora niepożądana, powodująca psucie się produktów, wzdęcia serów, nieprzyjemny zapach. Dlatego absolutnie nie powinny wchodzić w skład planowanych, kontrolowanych kultur starterowych do kefiru. Bakterie propionowe mają swoje miejsce głównie w produkcji serów dojrzewających typu szwajcarskiego (np. Propionibacterium freudenreichii), gdzie odpowiadają za oczka i charakterystyczny aromat. W kefirze nie pełnią żadnej kluczowej funkcji technologicznej, a ich obecność nie jest standardem według dobrych praktyk przemysłowych. W produkcji kefiru fundamentem są zawsze bakterie mlekowe i drożdże, bo tylko one w tej konfiguracji zapewniają właściwy profil kwasowości, lekkie nagazowanie, specyficzny aromat i stabilność mikrobiologiczną. Moim zdaniem warto zapamiętać zasadę: do każdego produktu fermentowanego dobiera się wąski, ściśle określony zestaw mikroorganizmów. To nie jest tak, że „jakiekolwiek bakterie fermentujące” się nadadzą. W przemyśle spożywczym odchodzi się od przypadkowych fermentacji na rzecz kontrolowanych kultur starterowych, zgodnych z technologią danego wyrobu i wymaganiami norm jakościowych.