Na etapie oznaczonym symbolem X w produkcji jogurtu naturalnego metodą zbiornikową zachodzi fermentacja mleka zaszczepionego wcześniej kulturami bakterii mlekowych. To jest kluczowy, absolutnie decydujący moment całego procesu. Po pasteryzacji (ok. 90°C) i schłodzeniu do temperatury zaszczepiania (około 42–45°C), dodaje się starter, najczęściej mieszankę Lactobacillus delbrueckii subsp. bulgaricus i Streptococcus thermophilus. Następnie mleko z dodatkiem kultur musi spokojnie fermentować w zbiorniku w stałej temperaturze, bez gwałtownych zmian i bez mieszania, które mogłoby uszkodzić skrzep. W trakcie fermentacji bakterie przekształcają laktozę w kwas mlekowy, co powoduje obniżenie pH, koagulację białek mleka (głównie kazeiny) i tworzenie struktury charakterystycznej dla jogurtu. To właśnie w tym momencie kształtuje się typowa konsystencja, smak lekko kwaskowy oraz część cech prozdrowotnych, o których tyle się mówi. W praktyce przemysłowej kontroluje się czas fermentacji i pH – zwykle proces przerywa się przy pH ok. 4,4–4,6, bo wtedy jogurt ma odpowiednią kwasowość i teksturę. Z mojego doświadczenia, w dobrze prowadzonym zakładzie bardzo pilnuje się, żeby nie przefermentować jogurtu, bo wtedy produkt będzie zbyt kwaśny, może się oddzielać serwatka i pojawią się problemy z akceptacją konsumencką. Po zakończeniu fermentacji zbiornik zwykle się chłodzi, żeby zatrzymać aktywność bakterii i „zablokować” dalsze zakwaszanie. Dopiero potem jogurt jest mieszany (jeśli ma być jogurt mieszany) i rozlewany do opakowań. W normach branżowych i dobrych praktykach produkcyjnych (GMP) podkreśla się, że stabilne warunki fermentacji, czystość instalacji i właściwy dobór kultur starterowych to podstawa powtarzalnej jakości jogurtu naturalnego.
W procesie produkcji jogurtu naturalnego metodą zbiornikową łatwo się pomylić, bo pojawia się kilka operacji cieplnych i mechanicznych, które brzmią podobnie i kojarzą się z mlekiem. Jednak miejsce oznaczone symbolem X to etap fermentacji, a nie żadna obróbka typu wirowanie, sterylizacja czy homogenizacja. Dobrze jest sobie ułożyć w głowie pełną sekwencję: najpierw obróbka mleka (oczyszczanie, standaryzacja, homogenizacja), potem pasteryzacja, chłodzenie do temperatury zaszczepiania, dodanie kultur bakterii i dopiero wtedy fermentacja. Wirowanie kojarzy się raczej z oddzielaniem tłuszczu (śmietanki) od mleka w wirówkach lub klarowaniem. To jest etap typowy przy produkcji mleka o określonej zawartości tłuszczu czy śmietany, a nie moment pomiędzy zaszczepianiem a rozlewem jogurtu. W jogurcie zbiornikowym na tym etapie niczego już nie rozdzielamy mechanicznie, tylko pozwalamy bakteriom pracować w spokoju. Sterylizacja z kolei to proces cieplny o dużo wyższej intensywności niż pasteryzacja, mający na celu całkowite zniszczenie mikroflory, także przetrwalnikującej. W produkcji jogurtu się jej nie stosuje, bo jogurt opiera się na żywych kulturach bakterii. Gdyby mleko było sterylizowane po zaszczepieniu, po prostu zabito by bakterie fermentacji mlekowej i jogurt by się nie wytworzył, co jest sprzeczne z całą ideą tego wyrobu. Homogenizacja natomiast służy rozdrobnieniu i równomiernemu rozproszeniu kuleczek tłuszczowych w mleku, żeby zapobiec śmietankowaniu i poprawić teksturę produktu. W praktyce technologicznej wykonuje się ją przed pasteryzacją, ewentualnie bezpośrednio po wstępnym podgrzaniu mleka, a nie tuż przed rozlewem. Typowym błędem myślowym jest traktowanie każdego „dodatkowego” etapu jako kolejnej obróbki mechanicznej albo cieplnej, tymczasem w miejscu X nie dodaje się już żadnych maszyn typu wirówka czy homogenizator, tylko pozwala się na kontrolowaną aktywność mikrobiologiczną. To właśnie fermentacja w zbiorniku decyduje o kwasowości, konsystencji i profilu sensorycznym, dlatego w dobrych praktykach produkcyjnych największy nacisk kładzie się na stabilną temperaturę, czas trwania procesu i jakość użytych kultur, a nie na dodatkowe zabiegi mechaniczne lub cieplne.