Prawidłowo – za powstawanie oczek w wielu serach dojrzewających odpowiada fermentacja propionowa, prowadzona głównie przez bakterie z rodzaju Propionibacterium (obecnie często nazywane Propionibacterium freudenreichii subsp. shermanii i podobne). Te bakterie rozkładają kwas mlekowy, który wcześniej został wytworzony przez bakterie fermentacji mlekowej, do kwasu propionowego, kwasu octowego i dwutlenku węgla (CO₂). I właśnie ten CO₂, uwięziony w elastycznym miąższu sera, tworzy charakterystyczne, równe dziury – oczka. W serach typu szwajcarskiego (np. ementaler) kontrola fermentacji propionowej jest jednym z kluczowych etapów technologii produkcji. Trzeba dobrać odpowiedni szczep bakterii, ich dawkę (zaszczepienie mleka), temperaturę i czas dojrzewania. Z mojego doświadczenia wynika, że niewielkie różnice w temperaturze dojrzewania, np. 2–3°C, potrafią mocno zmienić wielkość i rozmieszczenie oczek. W praktyce przemysłowej stosuje się dokładnie opisane procedury: najpierw etap wstępnego dojrzewania w niższej temperaturze, a potem tzw. fazę propionową w wyższej temperaturze, kiedy bakterie propionowe są najbardziej aktywne i intensywnie produkują CO₂. Jeżeli fermentacja propionowa przebiega zbyt słabo, ser ma mało oczek, jest „ślepy”; jeśli za mocno – oczka są zbyt duże, nieregularne, ser może nawet pękać. W normach jakościowych dla serów oczkowych (np. zakładowe specyfikacje, wytyczne branżowe) bardzo dokładnie opisuje się wygląd przekroju sera, wielkość i kształt oczek, a technolog właśnie na podstawie tych cech ocenia, czy fermentacja propionowa przebiegła prawidłowo. Warto też pamiętać, że nie wszystkie sery muszą mieć oczka – w wielu serach podpuszczkowych celowo ogranicza się aktywność bakterii propionowych, żeby uzyskać gładki, zwarty miąższ bez dziur.
W serowarstwie łatwo się pomylić, bo w produkcji sera występuje kilka rodzajów fermentacji i wszystkie są ze sobą powiązane. Podstawą jest fermentacja mlekowa, prowadzona przez bakterie kwasu mlekowego, które przetwarzają laktozę na kwas mlekowy. To one odpowiadają za obniżenie pH, prawidłowe ścinanie kazeiny, teksturę skrzepu i podstawowy smak. Jednak te bakterie same z siebie nie wytwarzają charakterystycznych dużych oczek, jakie kojarzymy np. z serem ementalskim. Ich głównym „produktem” jest kwas mlekowy, a nie gaz w ilości wystarczającej do budowy równych dziur w całym bloku sera. Dlatego łączenie fermentacji mlekowej bezpośrednio z powstawaniem oczek to typowe uproszczenie. Fermentacja cytrynowa jest jeszcze inną sprawą. Niektóre bakterie potrafią wykorzystywać cytryniany obecne w mleku i wytwarzać przy tym związki aromatyczne, np. diacetyl, który daje maślany posmak, charakterystyczny np. dla niektórych serków topionych czy serów twarogowych o specyficznym aromacie. Ale znowu – jej rola to głównie smak i delikatne zmiany struktury, a nie tworzenie dużych gazowych oczek w dojrzewającym serze podpuszczkowym. Fermentacja alkoholowa kojarzy się bardziej z drożdżami, pieczywem, piwem czy winem. W serach nie jest to główny, pożądany proces. Oczywiście mogą się pojawiać niewielkie ilości etanolu przy udziale drobnoustrojów towarzyszących, ale w prawidłowej technologii serów dojrzewających nie wykorzystuje się fermentacji alkoholowej jako głównego etapu. Jej produkty, czyli alkohol i CO₂, w serze są raczej zjawiskiem ubocznym, a nie kontrolowanym narzędziem technologii. Kluczowe jest zrozumienie, że charakterystyczne, równomierne oczka w serach typu szwajcarskiego wynikają przede wszystkim z fermentacji propionowej. Bakterie propionowe zużywają kwas mlekowy wytworzony wcześniej przez bakterie mlekowe i produkują z niego dwutlenek węgla, który gromadzi się w strukturze sera. Typowym błędem myślowym jest utożsamianie „każdej fermentacji” z tworzeniem gazu i dziur, podczas gdy w technologii serów gazotwórczość jest bardzo ściśle związana z konkretnymi grupami mikroorganizmów. Dobra praktyka branżowa zakłada, że technik serowar dokładnie rozróżnia role fermentacji mlekowej (zakwaszenie i struktura), ewentualnej fermentacji cytrynowej (aromat) i właśnie fermentacji propionowej (oczka), bo od tego zależy możliwość świadomego sterowania procesem dojrzewania sera i uzyskanie stabilnej, powtarzalnej jakości wyrobu.