Prawidłowo – za powstawanie oczek w serach podpuszczkowych, takich jak sery typu szwajcarskiego (np. ementaler), odpowiada fermentacja propionowa. W czasie dojrzewania sera bakterie propionowe, głównie Propionibacterium freudenreichii subsp. shermanii, rozkładają kwas mlekowy do kwasu propionowego, kwasu octowego oraz dwutlenku węgla (CO₂). I właśnie ten CO₂, gromadząc się w masie serowej, tworzy charakterystyczne, gładkie, okrągłe oczka. Bez prawidłowo prowadzonej fermentacji propionowej ser byłby zwarty, bez typowego „dziurkowania” i specyficznego, lekko orzechowego aromatu. W technologii serowarskiej bardzo ważne jest dobranie odpowiedniej dawki kultur starterowych: najpierw bakterie mlekowe, które produkują kwas mlekowy, a potem kultury propionowe, które ten kwas dalej przetwarzają. Do tego dochodzą warunki dojrzewania – temperatura, wilgotność, czas. Z mojego doświadczenia, nawet drobne odchylenia temperatury dojrzewania (np. za chłodno) mocno ograniczają aktywność bakterii propionowych i oczka wychodzą małe, nieregularne albo prawie ich nie ma. W dobrych praktykach produkcyjnych przy serach oczkowych dba się też o równomierne prasowanie i odpowiednie zasolenie, bo zbyt wysoka zawartość soli hamuje bakterie propionowe. Warto pamiętać, że fermentacja propionowa oprócz tworzenia oczek wpływa też na smak i zapach – to ona daje ten typowy, intensywny, trochę słodkawy posmak serów typu szwajcarskiego. W normach i specyfikacjach produktowych dla takich serów (np. specyfikacje zakładowe, standardy sieci handlowych) liczba, wielkość i równomierne rozmieszczenie oczek jest jednym z kluczowych parametrów jakości, więc kontrola procesu fermentacji propionowej to praktycznie podstawa w profesjonalnej serowarni.
W serowarstwie łatwo się pomylić, bo pojęcie „fermentacja” kojarzy się z wieloma różnymi procesami, a w produkcji żywności faktycznie występuje ich sporo. Przy powstawaniu oczek w serach podpuszczkowych kluczowe jest jednak to, jakie mikroorganizmy działają i jaki gaz powstaje w wyniku ich metabolizmu. W serach typu ementaler, maasdam i podobnych dziury nie biorą się z fermentacji octowej czy alkoholowej, tylko z fermentacji propionowej, prowadzonej przez wyspecjalizowane bakterie propionowe. Fermentacja octowa jest procesem, w którym bakterie octowe utleniają etanol do kwasu octowego. To ma znaczenie np. w produkcji octu spożywczego czy przy zepsuciu win i soków. W serach taki proces jest wręcz niepożądany, bo prowadziłby do ostrego, gryzącego smaku i psucia produktu. Co ważne, w fermentacji octowej powstaje głównie kwas octowy, a nie duże ilości CO₂ w strukturze sera, więc nie może ona odpowiadać za tworzenie typowych, równych oczek. Fermentacja masłowa z kolei związana jest z rozwojem bakterii masłowych (Clostridium). Ten proces jest typowym przykładem wady technologicznej serów twardych – prowadzi do tzw. wzdęć późnych, pęknięć, dziur nieregularnych, często połączonych z nieprzyjemnym zapachem i mazią. W branży serowarskiej uważa się to za poważną wadę jakościową, a nie pożądaną cechę, dlatego tak mocno pilnuje się jakości paszy, higieny mleka i prawidłowej pasteryzacji, żeby ograniczyć przetrwalniki Clostridium. Fermentacja alkoholowa natomiast to domena drożdży, głównie Saccharomyces, i kojarzy się z produkcją piwa, wina, cydru czy niektórych ciast drożdżowych. W jej wyniku powstaje etanol i CO₂, ale w serach podpuszczkowych drożdże nie pełnią podstawowej roli technologicznej. Gdyby silnie rozwijały się w serze, byłby to raczej sygnał problemów technologicznych lub złych warunków przechowywania. Typowym błędem myślowym jest więc utożsamianie każdego gazu w produkcie z „fermentacją alkoholową”, bo kojarzy się z bąbelkami. W serach oczkowych jest inaczej: to bakterie propionowe wykorzystują kwas mlekowy jako substrat i produkują CO₂, który tworzy oczka. Dlatego poprawne zrozumienie roli poszczególnych typów fermentacji jest ważne nie tylko teoretycznie, ale przede wszystkim praktycznie – od tego zależy, czy ser będzie miał prawidłową strukturę, wygląd i smak, zgodnie z wymaganiami norm zakładowych i oczekiwaniami odbiorców.