Najniższy poziom uwolnienia amoniaku do atmosfery osiąga się przy hodowli zwierząt w systemie
System ściołowy, w którym zwierzęta są utrzymywane na warstwie ściółki, minimalizuje emisję amoniaku do atmosfery z kilku powodów. Po pierwsze, ściółka absorbuje mocz i inne wydzieliny zwierząt, co ogranicza ich bezpośredni kontakt z powietrzem i redukuje procesy uwalniania amoniaku. Dodatkowo, odpowiednio dobrana ściółka, jak słoma czy trociny, może wspierać rozwój mikroorganizmów, które przyczyniają się do naturalnego rozkładu związków azotowych, co further ogranicza emisję gazów. Praktyczne zastosowanie systemu ściołowego jest powszechnie obserwowane w hodowli drobiu i trzody chlewnej, gdzie na przykład stosuje się słomę jako materiał ściółkowy, co nie tylko poprawia warunki bytowe, ale także wpływa korzystnie na zdrowie zwierząt. Zgodnie z dobrymi praktykami hodowlanymi, takie podejście sprzyja również zrównoważonemu rozwojowi, co jest zgodne z zaleceniami organizacji zajmujących się ochroną środowiska.
Utrzymanie zwierząt w systemach bezściołowych, zarówno na podłogach pełnych, jak i szczelinowych, wiąże się z wyższymi emisjami amoniaku z kilku powodów. W przypadku systemu bezściołowego na podłogach pełnych, brak absorpcyjnego materiału, takiego jak ściółka, powoduje, że mocz i odpady zwierzęce pozostają na powierzchni, co sprzyja ich szybkiemu parowaniu i uwalnianiu amoniaku do atmosfery. W tym wypadku, efektywność zbierania odchodów jest ograniczona, co dodatkowo potęguje problem emisji. Natomiast w systemie rusztowym, choć odpady są zbierane bezpośrednio pod rusztami, ich rozkład na otwartej przestrzeni również sprzyja emisji amoniaku, szczególnie w warunkach wysokiej temperatury i wilgotności. W obu przypadkach, brak ściółki sprawia, że nie ma naturalnego procesu rozkładu, który mógłby zredukować emisję gazów. Typowym błędem myślowym jest założenie, że systemy te mogą być równie efektywne jak systemy ściołowe w kontekście ochrony środowiska. W rzeczywistości, praktyki te mogą prowadzić do poważniejszych problemów związanych z zanieczyszczeniem powietrza oraz zdrowiem zwierząt, co jest niezgodne z nowoczesnymi standardami zrównoważonej hodowli zwierząt.