Graniczny Lekarz Weterynarii podlega Głównemu Lekarzowi Weterynarii, co jest zgodne z polskim prawem weterynaryjnym. Główny Lekarz Weterynarii jest odpowiedzialny za nadzorowanie wszystkich działań związanych z bezpieczeństwem zdrowia zwierząt oraz nadzorowaniem i kontrolowaniem granic krajowych w zakresie zdrowia publicznego i weterynaryjnego. Przykładowo, Graniczny Lekarz Weterynarii wykonuje kontrole zdrowotne zwierząt i produktów pochodzenia zwierzęcego w punktach granicznych, a jego działania są ściśle regulowane przez przepisy krajowe oraz unijne, co ma na celu zapewnienie bezpieczeństwa zdrowotnego w obrocie międzynarodowym. Ponadto, Główny Lekarz Weterynarii koordynuje i wdraża polityki związane z bioasekuracją oraz zwalczaniem chorób zakaźnych zwierząt, co jest kluczowe w kontekście ochrony zdrowia publicznego oraz ochrony środowiska. Taka struktura hierarchiczna ma na celu zapewnienie skutecznej i spójnej kontroli nad procesami weterynaryjnymi na poziomie krajowym.
Odpowiedzi, które wskazują na Powiatowego Lekarza Weterynarii, Ministra właściwego ds. rolnictwa czy Prezesa Rady Ministrów jako bezpośrednich przełożonych Granicznego Lekarza Weterynarii, są błędne, ponieważ nie odzwierciedlają rzeczywistej struktury zarządzania w weterynarii. Powiatowy Lekarz Weterynarii zajmuje się sprawami na poziomie lokalnym, w tym kontrolą zdrowia zwierząt na terenie powiatu, ale nie ma kompetencji nadzorczych nad działalnością Granicznych Lekarzy Weterynarii, którzy operują na poziomie krajowym i międzynarodowym. Minister właściwy ds. rolnictwa pełni funkcję nadzorczą na wyższym szczeblu, ale nie zarządza bezpośrednio poszczególnymi jednostkami, takimi jak Graniczni Lekarze Weterynarii. Z kolei Prezes Rady Ministrów nie ma kompetencji w zakresie nadzoru weterynaryjnego, a jego rola koncentruje się na ogólnym zarządzaniu rządem. Błędem myślowym jest założenie, że struktura zarządzania w weterynarii jest płaska, a kompetencje można łatwo dzielić między różne poziomy administracji, podczas gdy w rzeczywistości istnieje wyraźny podział ról i odpowiedzialności, mający na celu efektywne zarządzanie zdrowiem zwierząt oraz bezpieczeństwem żywnościowym w Polsce i Unii Europejskiej.