Nawożenie obornikiem jest kluczowym elementem ekologicznej produkcji rolniczej, ponieważ obornik jest naturalnym nawozem, który dostarcza niezbędnych składników odżywczych roślinom, jednocześnie poprawiając strukturę gleby i zwiększając jej żyzność. W porównaniu do nawozów mineralnych, obornik zawiera nie tylko makroelementy, takie jak azot, fosfor i potas, ale także mikroelementy oraz substancje organiczne, które korzystnie wpływają na mikroorganizmy glebowe. Takie praktyki są zgodne z zasadami zrównoważonego rozwoju i mają na celu minimalizację negatywnego wpływu na środowisko. W praktyce, zastosowanie obornika w gospodarstwie ekologicznym może obejmować jego kompostowanie przed użyciem, co dodatkowo podnosi wartość odżywczą i eliminuje patogeny. Ponadto, zgodnie z normami ekologicznymi, stosowanie nawozów organicznych, takich jak obornik, jest preferowane w celu podtrzymania i zachowania zdrowia ekosystemów rolniczych oraz bioróżnorodności. Przykładowo, wiele gospodarstw ekologicznych stosuje płodozmian, w którym obornik jest używany w ramach rotacji upraw, co dodatkowo sprzyja utrzymaniu równowagi w glebie.
Wybór herbicydów, zapraw nasiennych czy nawożenia mineralnego w kontekście ekologicznej produkcji rolniczej jest w zasadzie nieodpowiedni i niezgodny z podstawowymi zasadami tej metodologii. Stosowanie herbicydów wiąże się z wprowadzaniem do środowiska substancji chemicznych, które mogą negatywnie wpływać na bioróżnorodność i zdrowie gleby, co stoi w sprzeczności z ekologicznymi standardami, które kładą nacisk na naturalne metody zwalczania chwastów, takie jak mulczowanie czy stosowanie roślin okrywowych. Zaprawy nasienne, chociaż mogą chronić nasiona przed chorobami, mogą również wprowadzać chemikalia do upraw, co ogranicza ich przydatność w ekologicznej produkcji. Ponadto, nawożenie mineralne, które polega na stosowaniu syntetycznych nawozów, jest sprzeczne z zasadą wykorzystywania naturalnych źródeł składników odżywczych. Praktyki te nie tylko obniżają jakość gleby, ale również narażają rolników na utratę certyfikacji ekologicznej. Typowe błędy w myśleniu związane z tymi wyborami to przekonanie, że chemizacja rolnictwa może prowadzić do lepszych plonów, co jest krótkowzroczne. W dłuższej perspektywie, takie praktyki prowadzą do degradacji gleby, zmniejszenia jej żyzności oraz obniżenia jakości upraw, co jest niezgodne z ideą zrównoważonego rolnictwa.